Игровое ядро Pro Evolution Soccer 6 получило ряд усовершенствований, благодаря которым команда будет действовать более слаженно и технично. Как в нападении, так и в защите каждый виртуальный футболист будет использовать набор новых спортивных навыков.
Теперь вы будете атаковать ворота противника более точными ударами. Переработан дриблинг (в том числе, контроль мяча в сложных игровых ситуациях), улучшена модель игры навесами и контроль мяча после подкатов. Игра стала настолько похожей на настоящий футбол, что отличить ее от телевизионной трансляции вы сможете лишь взяв в руки игровой контроллер и начав управлять происходящим на поле. Помимо нововведений в игровом процессе, игра получила лицензированные фактические данные о национальных сборных Чехии, Франции, Австралии, Англии, Италии, Аргентины, Испании и Швеции.